En fin de saison 8, le serial killer et génie de l’informatique, Christopher Pelant, se jouait encore de l’équipe de l’institut Jefferson. Après s’être attaqué à Sweets, il s’interpose dans les projets de mariage de Booth et Brennan en menaçant de tuer cinq personnes innocentes si Booth refuse d’annuler les noces sans en donner la raison à Bones. L’agent du FBI ne peut que s’exécuter et annule le mariage. Étonnée et déçue, l’anthropologue accuse le coup.
Quelques mois plus tard, Brennan et Booth sont dans une impasse et au bord de la rupture. Elle ne comprend pas le comportement de l’agent du FBI tandis que lui est frustré de ne pas arriver à sortir de cette situation. Pour Booth, l’unique solution est de retrouver Pelant et de le tuer. Comment vivra-t-il le fait d’aller à l’encontre de ses valeurs en tuant quelqu’un de sang-froid et, surtout, ne serat-il pas trop tard pour reconquérir Bones et l’épouser ?
Cette saison accueillera de nouveaux guest tels que Greg Rikaart (“Les feux de l’amour”), Kelly Rutherford (“Melrose Place”, “Gossip Girl”) alias Stephanie McNamara, une ancienne connaissance de Hodgins ou encore Freddie Prinze Jr (“Souviens-toi l’été dernier, Scoobi-do”) en agent du CIA. John Francis Daley, qui interprète Sweets dans la série, est aussi scénariste. Il a par exemple co-écrit la suite de “Tempête de boulettes géantes”.
