Six mois se sont écoulés depuis les terribles événements survenus dans la vie de Molly Woods.
En effet, son mari John est décédé et Ethan, son fils-androïde revenu à la “vie”, a été enlevé par des membres de la Sécurité Intérieure. Désormais internée dans un hôpital psychiatrique, les ennuis de Molly sont loin d’être terminés. Cette dernière apprend que des corps, dont l’état ressemble étrangement à ce dont elle a été témoin dans l’espace, ont été retrouvés. L’astronaute décide alors de s’échapper de l’hôpital afin de mener sa propre enquête.
Sur sa route, elle va croiser J.D. Richter, un policier qui vient justement d’être assigné à cette affaire. Seul problème : celui-ci ne croit pas du tout en l’existence d’aliens et autres forces surnaturelles. Molly va tout faire pour retrouver la trace de son “fils” alien, qui est en fait toujours en vie et menace plus que jamais l’Humanité…
Enfin, Julie travaille désormais à l’élaboration d’un nouveau type d’Humanichs, des soldats capables de se battre et incapables de distinguer le Bien du Mal…
Cette seconde saison se compose de 13 épisodes de 42 minutes.