L'histoire en quelques lignes...
En 1978, l'agent spécial du FBI Joseph D. Pistone est désigné pour infiltrer une des cinq familles de la mafia américaine à New York, la famille Bonanno. Pour sa couverture, il se fait appeler « Donnie Brasco » et devient receleur expert en diamants venant de Vero Beach en Floride.
Il se rapproche d'un modeste soldat de l'organisation, Benjamin Ruggiero dit « Lefty » et de son capitaine Dominick « Sonny Black » Napolitano. Lefty n'arrive pas à gagner d'argent, son fils est un drogué, et il est constamment déçu de ne pas être retenu pour une promotion à un poste plus élevé au sein de la famille. Il fait part à Brasco de sa désillusion d'avoir passé trente ans dans la mafia, d'avoir tué pas moins de 26 personnes et de n'être qu'un gangster aux ordres.
En Donnie, Lefty voit un jeune protégé, qui pourrait être en mesure de réussir là où lui a échoué. Il le prend sous son aile, et en se portant garant pour lui, Donnie est rapidement accepté par les autres membres de la famille et devient un « associé »[. La suite logique de son ascension est qu'il devienne un « affranchi ».
Au fil du temps, Donnie, qui transmet ses enregistrements à sa hiérarchie, parvient à se faire une place dans l'organisation. Mais bientôt il n'arrive plus à faire la part des choses, mêlant travail et vie privée et ne donnant plus de nouvelles au FBI. Pistone est conscient que la moindre erreur dans son travail pourrait entraîner sa mort ou celle de sa famille.