L'histoire en quelques lignes...
Alors qu'il se trouve à Belfast, Ethan Hunt reçoit sur une bande magnétique pour sa nouvelle mission. Depuis que Solomon Lane s'est fait arrêter deux ans auparavant par Hunt et son équipe, son organisation criminelle, « le Syndicat », s'est reformée sous la forme d'un groupe terroriste dénommé « Les Apôtres », avec l'aide de Nils Debruuk, spécialiste norvégien en armes nucléaires. La mission de Hunt est d'intercepter une livraison de trois charges portables de plutonium aux Apôtres, qui doit se dérouler à Berlin. Il s'y rend avec Benji Dunn et Luther Stickell, mais ce dernier est pris en otage par les Apôtres. En voulant le sauver, Ethan Hunt oublie de surveiller les bombes dont s'emparent les terroristes.
L'équipe capture alors Nils Debruuk et le manipule en lui faisant croire qu'un manifeste terroriste qu'il a rédigé est diffusé en direct à la télévision après trois attentats atomiques à Rome, Jérusalem et La Mecque ; Debruuk accepte alors de donner la clé de déchiffrage d'un téléphone portable appartenant aux Apôtres avant que la supercherie lui soit révélée par ses auteurs.
Les informations contenues dans le téléphone permettent à la CIA de déterminer qu'un des Apôtres connu sous le nom de John Lark, dont personne ne connaît le visage, va rencontrer la « Veuve blanche » lors d'une réception au Grand Palais à Paris, afin de conclure la vente du plutonium. Le ministre de la défense Alan Hunley, qui supervise l'organisation « Mission impossible », décide d'envoyer Hunt sans son équipe, car l'échec de Berlin a montré qu'il se laissait influencer par ses sentiments, mais Erica Sloane, directrice de la CIA, lui impose August Walker, un agent connu pour ses méthodes brutales.
