L'histoire en quelques lignes...
En 2016, Jacob Portman (Asa Butterfield), également nommé Jake, est un jeune adolescent timide de 16 ans menant une vie paisible en Floride. Un soir, il reçoit un appel de son grand-père Abe (Terence Stamp), dont il est très proche, qui semble en proie à la panique. Accompagné de sa collègue de travail Shelley (O-Lan Jones), il se rend chez lui pour découvrir son appartement vandalisé et, non loin de là, le corps de son grand-père dont les yeux ont été arrachés. Avant de mourir, Abe parle confusément à Jake d'une boucle et d'un oiseau. C'est alors qu'un monstre humanoïde apparaît à Jake, mais il est repoussé par Shelley (qui ne le voit cependant pas, se contentant de tirer au hasard).
Bouleversé par la mort de son grand-père, Jake se confie à sa psychiatre, le Dr Golan (Allison Janney). Il lui rapporte les histoires fabuleuses que lui narrait son grand-père dans sa jeunesse à propos d'un pensionnat pour enfants au Pays de Galles gouverné par une certaine Miss Alma Peregrine, des enfants doués de capacités surnaturelles qui y vivaient ainsi que de sa chasse effrénée de monstres dont la description correspond à celui vu par Jake après la mort d'Abe. Ses parents s'inquiétant de son état mental, le Dr Golan conseille à Jake de se rendre sur les lieux de ce pensionnat, peut-être encore existant, afin de tourner définitivement la page.
Le mystère et le danger s'amplifient quand il apprend à connaître les résidents, leurs étranges pouvoirs… et leurs puissants ennemis.
