L'histoire en quelques lignes...
Trois ans après la destruction du parc à thème Jurassic World, Isla Nublar est abandonnée, et les dinosaures survivants vivent en liberté. Cependant, un volcan dormant sur l'île menace d'entrer en éruption, ce qui entraînerait une nouvelle extinction massive pour les dinosaures.
Claire Dearing, désormais militante pour la protection des dinosaures, est contactée par Eli Mills, l'assistant du riche Benjamin Lockwood (ancien partenaire de John Hammond), pour organiser une mission de sauvetage. L'idée est de transférer les dinosaures vers un sanctuaire sûr. Claire recrute Owen Grady, qui cherche à retrouver Blue, son raptor dressé et disparu dans la nature.
Arrivés sur l'île, Owen, Claire et leur équipe (composée d'une paléovétérinaire, Zia, et d'un analyste système, Franklin) découvrent rapidement que la mission de sauvetage est une façade. En réalité, Mills et ses mercenaires ont l'intention de capturer les dinosaures les plus précieux, dont Blue, pour les vendre aux enchères sur le marché noir, dans le domaine de Lockwood. Ils ont également développé une nouvelle espèce de dinosaure génétiquement modifiée, l'Indoraptor, une créature terrifiante conçue comme arme.
Alors que le volcan entre en éruption et que l'île est dévastée, Owen, Claire et leurs alliés tentent de contrecarrer les plans de Mills. Ils découvrent également que Maisie, la petite-fille de Lockwood, est en fait un clone de sa fille décédée. Elle se sent un lien particulier avec les dinosaures en raison de sa propre "création artificielle".
Dans le chaos de la vente aux enchères, l'Indoraptor s'échappe, semant la destruction dans le manoir. Après une confrontation intense, les héros parviennent à vaincre l'Indoraptor, mais les dinosaures capturés sont menacés par une fuite de gaz cyanure. Claire hésite à les libérer, consciente des dangers, mais Maisie, se sentant liée à eux, ouvre les portes de leurs cages, permettant aux dinosaures survivants de s'échapper dans la nature.
