Jean-Michel Aphatie est connu des téléspectateurs de LCI pour y avoir co-présenté "Le Grand Jury" en 2005 et 2006. Il compte également parmi les intervenants réguliers de la chaîne cette dernière saison.
Pour Fabien Namias : «Je me réjouis de voir Jean-Michel rejoindre les grandes signatures politiques de LCI. Son expérience, sa liberté de ton, son franc-parler permettront à la matinale de Pascale de La Tour du Pin de devenir un rendez-vous incontournable de l’information politique ».
Jean-Michel Aphatie démarre sa carrière de journaliste politique pour le magazine Politis de 1988 à 1989. Il collabore ensuite au quotidien Libération et au Journal du Dimanche, avant de rejoindre Le Parisien en 1992. Après un passage par L’Express, de 1996 à 1998, il travaille pour le quotidien Le Monde.
A partir de 1999, Jean-Michel Aphatie se tourne vers la radio et rejoint France Inter, en tant que journaliste politique. En 2003, il intègre RTL pour y présenter L'invité de RTL, une interview politique du lundi au vendredi à 7 h 50. À partir de septembre 2005, il co-anime l’émission Le Grand Jury RTL-Le Monde-LCI (puis RTL-le Figaro-LCI à partir de septembre 2006). Parallèlement, de janvier 2004 jusqu'à l'arrêt de l'émission en juin 2006, il est chroniqueur dans l'émission de Marc-Olivier Fogiel "On ne peut pas plaire à tout le monde" sur France 3. En 2006, il devient chroniqueur politique dans Le Grand Journal de Canal+.
À la rentrée de septembre 2008, tout en poursuivant ses interviews sur RTL et sa participation au Grand Journal, il devient chef du service politique et directeur adjoint de la rédaction de RTL. En octobre 2008, il reçoit avec Arlette Chabot le Prix Roland Dorgelès, décerné à des journalistes pour leur attachement à la qualité de la langue française. A partir de janvier 2010, il débat toutes les semaines face à Alain Duhamel (Le face à face Aphatie-Duhamel). En novembre 2011, il reçoit le prix Philippe Caloni du meilleur intervieweur.
Il quitte RTL à l’issue de la saison 2014-2015 pour rejoindre Europe 1, où il co-anime l'émission Europe 1 Midi, jusqu'en juillet 2016.
À la rentrée de septembre 2016, il assure l'interview politique du matin sur la chaîne d’information France Info, retransmise simultanément sur la radio France Info. À partir d'octobre 2016, il rejoint l’équipe de l'émission "C l'hebdo" sur France 5 comme chroniqueur. Le 26 juin 2018, après avoir effectué ses interviews politiques matinales sur France Info durant deux ans, il revient sur Europe 1.
En mars 2018, il publie l’essai La liberté de ma mère : Mai 68 au Pays Basque sur la plateforme d'auto édition d'Amazon.
