Le Dr Shaun Murphy (Freddie Highmore), un chirurgien atteint d'autisme et du syndrome du savant, continue d'utiliser ses dons médicaux extraordinaires à l'unité chirurgicale de l'hôpital Saint-Bonaventure dans cette 6ème saison de "Good Doctor".
Après les festivités de leur mariage tant attendu et sa promotion au poste de titulaire en chirurgie, la relation entre Shaun et Léa est immédiatement mise à l'épreuve. Les deux doivent également apprendre à vivre ensemble en tant que couple marié.
Pendant ce temps, l'équipe doit faire face à des changements à l'hôpital et dans leur vie personnelle...
Dans le 1er épisode de la saison, la réception de mariage tant attendue de Shaun et Léa est interrompue par une violente attaque à l'hôpital. Toute l'équipe doit se mobiliser pour sauver les victimes. Pendant ce temps, le traumatisme de voir les personnes auxquelles il tient en danger de mort, affecte Shaun à plus d'un titre...