Quelque chose ne fonctionne plus avec la Machine. Attaquée par un puissant virus qui semble vouloir l'anéantir, la Machine est hors service. Pour la sauver, Finch (Michael Emerson) et Reese (Jim Caviezel) doivent demander de l'aide à Root (Amy Acker), leur ennemie jurée... De son coté, Carter (Taraji P. Henson) est piegée par les HR...
Episode 02x21 Et tout recommence
Le compte à rebours continue de tourner et nous rapproche du point zéro du virus : le moment où il aura raison de la Machine. Finch parvient, pourtant, à obtenir un nouveau nom : celui d’Ernest Thornhill, le P.-D.G. d’une société de saisie de données. Mais l’activité de la société se révèle mystérieuse et personne n’a jamais vu le directeur. Decima Technologies et Root sont aussi à la recherche de Thornhill. Fait particulier, ce dernier a commencé à racheter toutes les sociétés gérant les cabines téléphoniques de New York. Plus étonnant encore, Finch et Reese en arrivent rapidement à la conclusion que Thornhill n’existe pas et qu’il n’est autre que la Machine ou un système de défense qu’elle s’est créé. Root parvient à convaincre Finch de l’aider à libérer la Machine, à l’insu de Reese. Les chemins de Reese et de Shaw se croisent à nouveau. Ils s’unissent pour retrouver Root et Finch. Le compte à rebours touche à sa fin. Au point zéro, la Machine s'arrêtera, puis se réinitialisera. Elle appellera à ce moment une cabine publique de New York. Celui qui décrochera aura un accès total à la Machine durant vingt-quatre heures...
Episode 02x22 Enfin libre
Carter est aux prises avec les affaires internes au sujet d'une ancienne affaire de mort par balle d'un suspect. A cette occasion, Terney révèle son vrai visage : en tant que membre du HR, il menace ouvertement de s'en prendre à Fusco et au fils de Carter si celle-ci continue à se mêler de leurs affaires. Ayant pris soin d'appairer le téléphone de Terney, Carter apprend que le HR veut se débarrasser définitivement d'Elias le soir même, à la faveur d'un transfert de prisonnier. Pendant ce temps, la Machine s'est réinitialisée toute seule, laissant Root bénéficier d'un accès durant vingt-quatre heures. La seule chose que Root ignore, c'est l'endroit où se trouve la Machine, alors que l'objectif qu'elle poursuit depuis le début est de la "libérer".