
Lors du 2e épisode, Jane voit resurgir un visage de son passé : Danny Ruskind (Kevin Rankin), le jeune frère de sa défunte épouse. Ce petit escroc qu'il n'a plus revu depuis la mort de sa femme le piègera pour obtenir son aide dans une affaire de meurtre. Jane ne sera pas le seul à devoir gérer des problèmes familiaux. Pour les besoins d'une enquête, Rigsby sera amené à contacter son père, Steve (William Forsythe), ancien membre d'un gang de motards lié à diverses histoires de vols, d'agressions et d'homicides. Mais ce rapprochement entre le fils et le père n'améliorera pas leurs rapports déjà très conflictuels. Une mauvaise année pour le pauvre Rigsby qui ne trouvera pas de réconfort auprès de son ancienne compagne, Grace. En effet, le rapprochement entre la jeune femme et un agent du FBI qui collabore avec le CBI l'éloigne d'elle.
Traque en solo
Dans cette 3e saison, Patrick Jane sera plus que jamais sur les traces de John le Rouge. En effet, le meurtre d'un criminel proche du tueur en plein cœur des locaux du CBI le pousse à croire qu'un complice de John le Rouge s'est infiltré dans la police. Pour ne pas risquer que ce dernier se sente traqué et se méfie, il n'informe personne et enquête en solitaire. Il décide malgré tout d'aller chercher de l'aide auprès de son ancien supérieur, Virgil Minelli (Gregory Itzin), parti à la retraite l'année précédente, en lui demandant de garder le secret. L'ancien chef du CBI n'est pas le seul personnage à faire son retour après être apparu dans les précédentes saisons.
Le Dr. Linus Wagner (Zeljko Ivanek, vu dans le pilote de la série) apportera à Lisbon une aide inattendue dans la recherche de Jane, enlevé au cours d'une enquête ; Walter Mashburn (Currie Graham) qui avait été suspecté dans une affaire de meurtre (dans le 13e épisode de la saison précédente), sera au cœur d'un nouvel homicide et tentera de séduire Lisbon ; mais surtout, l'énigmatique «gourou» de la secte Vizualise, Bret Stiles (Malcolm McDowell, déjà présent dans l'épisode 20 de la saison 2) apportera à Jane une information laissant penser qu'il est en lien avec John le Rouge...
De nouveaux venus
De nouveaux personnages récurrents rejoignent également cette 3e saison. Eric Winter, connu notamment des téléspectateurs pour ses rôles dans les séries Des jours et des vies ou Brothers & Sisters, devient l'agent du FBI Craig O'Laughlin, ancien joueur de football qui a eu pour entraîneur le père de Grace. Amené à travailler avec le CBI, il se rapprochera rapidement de cette dernière sous le regard impuissant de Rigsby, toujours amoureux d'elle.
Autre nouveau venu, Pruitt Taylor Vince, vu dans plusieurs séries et au cinéma dans des films comme The Cell ou Constantine, interprète J.J. LaRoche, un responsable de la commission de déontologie de la police. Chargé d'une enquête interne suite au décès d'un prisonnier dans les locaux du CBI, il suspectera à tour de rôle tous les membres de l'équipe et mettra à rude épreuve les liens entre Cho et Rigsby.
Enfin, Michael Gaston (Jericho, Fringe...) incarne Gale Bertram, le nouveau directeur du CBI.