L'histoire en quelques lignes...
Une équipe de secours menée par Jonas Taylor, plongeur spécialisé en eaux profondes, sauve un groupe de marins piégés dans un sous-marin nucléaire coulé lorsque Jonas voit la coque du sous-marin endommagée par une créature inconnue.
Deux secouristes sont bloqués dans le sous-marin endommagé et affirment que leur retour au submersible de sauvetage prendra quelques minutes. Taylor les laisse par crainte qu’ils ne meurent tous avant qu’ils n’aient eu le temps de revenir. En partant, le sous-marin endommagé explose. La déclaration de Taylor selon laquelle une créature marine géante a causé le désastre a été rejetée par son coéquipier, le Dr Heller, qui croit que Taylor était atteint de psychose induite par la pression et reproche à Taylor la perte de leurs amis.
Cinq ans plus tard, le milliardaire Jack Morris rencontre le Dr Minway Zhang au centre de recherche sous-marin « Mana One », que finance Morris. Zhang et sa fille, Suyin, une océanographe, supervisent une mission d'exploration de ce qui pourrait être une partie plus profonde de la fosse des Mariannes, dissimulée par un nuage de sulfure d'hydrogène formant une thermocline. La mission est menée par Lori (ex-femme de Taylor), Toshi et The Wall dans un submersible. La mission semble aller bien jusqu'à ce qu'une très grande créature frappe le submersible, lui faisant perdre le contact avec Mana One.
James « Mac » Mackreides, un autre membre de l'équipage de la station, suggère de renvoyer Taylor pour tenter un sauvetage, citant la similitude avec son histoire...