L'histoire en quelques lignes...
Dans l'océan Indien à la fin des années 1980, durant les dernières années de la guerre froide. Au cours d'une patrouille aérienne de routine, deux chasseurs F-14 Tomcat de l'US Navy embarqués sur le porte-avions USS Enterprise rencontrent deux chasseurs MiG-28 soviétiques, au comportement hostile. Les pilotes américains parviennent à mettre les avions soviétiques en fuite mais le leader de la formation, Bill « Cougar » Cortell, se retrouve en état de choc à la suite de l'accrochage. Le pilote de l'autre appareil américain, Pete « Mavericka » Mitchell — un aviateur avec un tempérament de « chien fou », peu apprécié de sa hiérarchie et marqué par la disparition en vol de son pèreb, le 5 novembre 1965, lors de la guerre du Viêt Nam — retourne alors chercher Cougar, malgré les ordres reçus et le manque de kérosène de son avion, et l'aide à se poser sur le porte-avions.
Choqué à la suite de l'incident, Cougar renonce au pilotage. Le commandant du groupe aérien embarqué, qui avait prévu d'envoyer Cougar à l'United States Navy Fighter Weapons School (surnommée « Top Gun »), l'école d'aviation pour l'élite de l'aéronavale américaine, se voit contraint d'affecter à sa place Maverick et son navigateur Nick « Goose » Bradshaw, afin qu'ils y perfectionnent leur technique en combat aérien.
Intégrant la Fighter Town de Miramar, les deux compères se retrouvent rapidement en compétition face au duo composé de Tom « Iceman » Kazanski et son navigateur, Ron « Slider » Kerner pour la première place au classement de Top Gun. Les stagiaires sont entraînés par certains des meilleurs instructeurs au monde, notamment les commandants Heatherly « Jester » et Metcalf « Viper » — ce dernier ayant volé avec le père de Maverick au Vietnam —. Peu après, le jeune Maverick s'amourache d'un des instructeurs, l'astrophysicienne Charlotte « Charlie » Blackwood.
Dans cette école de haut niveau, il va devoir prouver qu'il est le meilleur, en affrontant notamment Iceman, et assumer sa relation avec Charlie.
