L'histoire en quelques lignes...
Depuis la mort de sa femme, M. Brown est dépassé par ses sept enfants indisciplinés, qui font vivre un enfer à toutes les gouvernantes. Pour couronner le tout, sa tante, l'horrible Tante Adélaïde, le menace de lui couper les vivres s'il ne se remarie pas rapidement.
Au milieu de ce chaos, Nanny McPhee arrive. Cette nounou mystérieuse et dotée de pouvoirs magiques va imposer sa discipline aux enfants. Au fur et à mesure que les enfants apprennent des leçons de vie, Nanny McPhee se transforme physiquement, devenant de plus en plus belle. Les enfants, d'abord réticents, finissent par s'attacher à elle.
Une autre épreuve attend la famille : M. Brown doit se marier avec une femme qu'il n'aime pas pour des raisons financières. Nanny McPhee et les enfants vont alors tout faire pour empêcher ce mariage.