L'histoire en quelques lignes...
Le film reprend là où le premier s'était arrêté, avec Godefroy de Montmirail et son écuyer Jacquouille la Fripouille, accidentellement projetés de 1122 à 1993, essayant désespérément de retourner à leur époque.
Godefroy de Montmirail (Jean Reno) et Jacquouille (Christian Clavier) sont toujours bloqués dans le XXe siècle. Leur quête pour retrouver le chemin de leur temps est compliquée par le fait que Jacquouille a volé les bijoux de famille de ses descendants, les Montmirail (en particulier un sac et des reliques sacrées). Ces objets sont essentiels pour la réussite du sortilège qui doit les ramener en 1122.
Le mage Eusæbius, responsable du sortilège raté, s'est trompé en préparant la potion et a envoyé un autre descendant de Godefroy, un descendant direct de Jacquouille, un certain "Jacbquard" à l'époque médiévale, en lieu et place des bijoux.
Le film suit donc une double intrigue :
Au XXe siècle : Godefroy et Jacquouille doivent retrouver les précieux bijoux, qui sont passés entre plusieurs mains, notamment celles de la famille Goulard (les descendants de Jacquouille), qui les ont intégrés dans leur commerce de produits d'entretien. Ils sont aidés dans leur quête par Béatrice (Valérie Lemercier), la descendante de Godefroy. Les situations comiques découlent de leur incompréhension du monde moderne et de leurs interactions avec leurs descendants.
Au XIIe siècle : Jacquard, un cadre commercial contemporain, se retrouve plongé dans le Moyen Âge et doit faire face à la rudesse et aux dangers de l'époque, notamment des conflits féodaux. Son comportement et son langage anachronique provoquent des quiproquos avec les seigneurs et les villageois de l'époque.