L'histoire en quelques lignes...
Trois mois après la défaite de Syndrome dans le film précédent, les membres de la famille Parr — Bob, Hélène, Violette, Flèche et Jack-Jack — continuent d'agir sous leur identité de super-héros : les Indestructibles.
Le film commence là où l'intrigue du premier s'est arrêtée, alors que les Indestructibles essayent d'empêcher Le Démolisseur de dévaliser la banque de Metroville. Ce dernier s'enfuit, et les autorités s'inquiètent de l'ampleur des dommages causés par l'incident. En conséquence, Rick Dicker informe la famille Parr que le programme « Super Relocation » de son département est en train d'être fermé, forçant les supers à travers le monde à prendre leur entière responsabilité en permanence et à oublier leurs identités secrètes. Avant de les quitter, il les place dans un hôtel pendant deux semaines.
Bob et Hélène, ainsi que Lucius Best — le super-héros Frozone — sont contactés par Winston Deavor, un fan de super-héros, philanthrope et magnat dans le domaine des télécommunications et propriétaire de DEVTECH, qui leur propose un coup de publicité pour regagner l'appui du grand public à l'égard des super-héros.
Pour remplir cette mission, il invite Elastigirl à braver l'interdiction d'agir en super-héros tout en filmant l'intégralité de ses actes héroïques, la jugeant moins destructrice que Frozone ou M. Indestructible. Dans le cadre de ce plan, Winston fournit à la famille une villa, dans laquelle Bob prend la charge des enfants pendant l'absence d'Hélène.
Pendant ce temps, Bob découvre les pouvoirs de Jack-Jack et a tout le mal du monde à les contrôler. En quête d'aide, Bob emmène Jack-Jack chez Edna Mode, une amie de la famille et designer de costumes de super-héros. Elle refuse d'abord de s'occuper de l'enfant jusqu'à ce qu'elle assiste, émerveillée, aux super-pouvoirs du bébé. Bob essaye également de gérer le comportement de Violette, qui vit mal que Rick Dicker ait effacé la mémoire de son amoureux et désigne son père comme responsable car il a informé Rick qu'il connaissait l'identité de Violette.
Pendant ce temps, en mission, Hélène affronte un mystérieux ennemi surnommé L'Hypnotiseur - qui détourne les écrans pour projeter des images hypnotiques afin de laver l'esprit et contrôler les civils - et réalise un premier exploit en sauvant un Maglev en péril. La famille et Frozone vont devoir s’allier comme jamais pour déjouer son plan machiavélique.
