L'histoire en quelques lignes...
2263. Sur une planète, le capitaine James T. Kirk agit à titre d'ambassadeur pour conclure un traité de paix entre deux peuples ennemis. En guise de cadeau, il apporte un artéfact qui faisait partie d'une puissante arme inconnue. Cependant, le chef de la planète s'emporte, croyant qu'on veut se moquer de lui et soumettre son peuple. Kirk tente de l'apaiser, mais le chef préfère attaquer Kirk, imité par ses congénères. Grâce à Scotty, Kirk retourne sur le vaisseau USS Enterprise. Après cette mission manquée, Kirk se questionne sur son rôle dans Starfleet. Après trois ans de mission et alors que son anniversaire approche, il n'éprouve plus qu'ennui et malaise, même si son équipage est l'un des meilleurs selon ses dires.
Arrivé à la station spatiale Yorktown dans le but de remplir les soutes du vaisseau, l'équipage prend un repos bien mérité. Kirk reçoit du Commodore Paris la proposition de devenir vice-amiral. Au même moment, Spock et Nyota Uhura tentent de mettre un terme à leur relation amoureuse. Hikaru Sulu retrouve son conjoint et leur fille. Scotty continue de fignoler les appareils du vaisseau pour en tirer le maximum.
Quelque temps plus tard, un petit vaisseau aborde la station spatiale ; son occupante, Kalara, affirme qu'elle a dû laisser derrière elle son équipage sur une planète inhospitalière. Kirk accepte la mission d'aller secourir l'équipage dans une nébuleuse inexplorée. Après avoir franchi une ceinture d'astéroïdes, le vaisseau USS Enterprise est attaqué par une multitude de petits vaisseaux qui forment un essaim à la manière des abeilles. Cet essaim transperce le vaisseau à plusieurs endroits, le laissant à la dérive dans l'espace. Le chef des assaillants, un extraterrestre de forme humanoïde du nom de Krall, s'introduit dans le vaisseau dans le but de récupérer l'artefact.
