L'histoire en quelques lignes...
Le jeune Mahito, 11 ans, perd sa mère dans l'incendie d'un hôpital à Tokyo.
Un an plus tard, son père se remarie avec Natsuko (la sœur cadette de sa défunte mère). La famille quitte la ville pour s'installer dans un vieux manoir à la campagne. Mahito, rongé par la tristesse et peinant à accepter Natsuko, s'isole.
Près du manoir se trouve une tour mystérieuse, construite par un ancêtre excentrique disparu. Mahito y est harcelé par un héron cendré étrange et provocateur qui finit par lui parler. Le héron prétend que la mère de Mahito est toujours vivante et qu'elle l'attend dans la tour.
Lorsque Natsuko disparaît mystérieusement dans la forêt, Mahito décide de s'aventurer dans la tour pour la sauver, guidé par le héron.
