L'histoire en quelques lignes...
Le film se déroule dans l'Amérique post-Watergate, marquée par la paranoïa et la méfiance envers les institutions gouvernementales. L'histoire suit Joseph Turner (Robert Redford), un chercheur de la CIA dont le nom de code est "Condor".
Turner travaille dans une petite section de la CIA, une sorte d'antenne de recherche bibliographique dont le rôle est d'analyser des livres et des magazines du monde entier pour y déceler des informations ou des complots. Un jour, alors qu'il est sorti chercher le déjeuner pour ses collègues, un commando de tueurs fait irruption dans son bureau et assassine toute son équipe.
Dès son retour, il comprend qu'il est le seul survivant et que sa vie est en danger. Effrayé, il contacte la CIA pour obtenir de l'aide, mais réalise rapidement qu'il ne peut faire confiance à personne à l'intérieur de l'agence. Il devient une cible, pourchassé à la fois par les assassins et par ses propres supérieurs qui tentent de le "neutraliser".
Au cours de sa fuite, il kidnappe une photographe, Kathy Hale (Faye Dunaway), et se réfugie dans son appartement. Contre toute attente, une relation se noue entre eux, et elle finit par l'aider dans sa course désespérée pour la survie.
Turner, alias Condor, mène sa propre enquête pour comprendre pourquoi son bureau a été éliminé. Il découvre qu'une opération secrète et illégale au sein de la CIA, en lien avec le pétrole et la politique étrangère, a été mise en place sans l'accord des autorités. L'enquête qu'il a menée dans le cadre de son travail a accidentellement mis à jour cette conspiration.